Główna idea towarzysząca wszystkim aspektom działalności ZUOK zawiera się w haśle „Chronimy Mazury”, ponieważ właśnie ochrona unikalnych walorów tego pięknego regionu jest głównym celem całego przedsięwzięcia. Zakład regularnie poddaje się kontrolom, których wyniki potwierdzają, że funkcjonowanie obiektu nie stwarza żadnych zagrożeń dla środowiska naturalnego. Niezwykle ważnym aspektem działalności ZUOK Spytkowo jest także jej edukacyjny wymiar. Zgłębianie zagadnień związanych z ochroną przyrody i edukacja ekologiczna dzieci i młodzieży oraz ogólnie mieszkańców na trwałe wpisały się w kalendarz wydarzeń odbywających się w Zakładzie.